هزار جریب بعد از فتنه افغان مورد بی توجهی قرارگرفته و از صفا افتاده بود . اولین حاکم قاجار که به احیای آن کوشید منوچهرخان معتمد الدوله بود . او آب هزار جریب را دوباره جاری کرد و به نیت پرورش کرم ابریشم نهال های توت در آن کاشت و در تفرجگاهی که برای خود ساخته بود روزهای بهار را در سردر هزارجریب می گذراند. اما با مرگش همه چیز نابود شد ( تاریخ جلفای اصفهان ، ص 339 ) پس از او چراغعلی خان مادی هزارجریب را دوباره تنقیه کرد و دراینکارکوشید ( وقایع اتفاقیه ، ش 177 ، 25 رمضان 1270 ) همچنین عمارت هزارجریب را که خرابی به هم رسانده بود تعمیر نمود ( وقایع اتفاقیه ،ش 222 ، 16 شعبان 1271 ) در دوره حکومت حشمت الدوله نیز سعی شد مادی احیاء شود « خود رفته و در آنجا چادر زده سه روز توقف نمودند .. چند روز است با نهایت سعی و اهتمام مشغول پاک کردن مادی مزبور می باشند » ( وقایع اتفاقیه ، ش 246 ، 6 صفر 1272 )پس از او احتشام السلطنه دستور داد « معادل پنج هزار درخت از نو در هزارجریب اصفهان غرس نمایند » ( وقایع اتفاقیه ، ش 462 ، 21 شعبان 1276 )

) ظل السلطان با آنکه آب مادی هزارجریب را ستاند اما در زمان او گزارشی از تعمیر و احیاءهزار جریب نیامده است . آنچنان که جلال همایی می گوید « ظل السلطان که مالک اراضی بالادست لنجان شد ، این نهر عظیم [جوی سیاه = مادی آب هزارجریب] رابرد به طوری که دیگر به حوالی شهر نرسید و درنتیجه هزارجریب و اراضی تخت فولاد بایر و لم یزرع گردید » ( تاریخ اصفهان ، مجلد ابنیه و عمارات ، بخش تکایا و مقابر ، ص 537 ) . در روزنامه فرهنگ به خبرهایی برمی خوریم که وضعیت و کاربری این باغ مرده را به خوبی نشان می دهد. مثلاً افواج نظامی و توپچیان به « صحرای هزارجریب » رفته ودر آنجا به مشق نظامی، تیراندازی توپ وسنگرسازی پرداخته اند ( فرهنگ ، ش 219 ،3 ذیقعده 1300 ) درست در همین سال ها تحویلدارهزارجریب را چنین توصیف می کند « امارات میانش خراب و اشجار زمینش از میان رفته، دیوارهایش هنوز برپاست و متن باغ الان ساده است و غله کار قدیم » ( جغرافیای اصفهان ، ص 27 ) دیولافوا نیز اندک زمانی بعد در محل هزارجریب تنها « چند تپه خاک که دراثر باران شسته شده و یک برج کبوتر » دیده است ( ایران ، کلده و شوش ، ص 340) خدمت دیگری که ظل السلطان برای این باغ سلطنتی نمود آنست که در پی سیاست تخریب مبانی صفویه عمارت سردر هزارجریب را به ابراهیم خان فراشباشی بخشید تا خراب نماید و برای خود از مصالح آن خانه بسازد و «در باغ ابریشم بنای عمارت حضرت والا را تکمیل نماید » ( خاطرات ممتحن الدوله ، ص 145 ) تصویر عمارت سردر هزارجریب در کتاب وصف بناهای مشهور اصفهان ، ص 62 آمده است . درخالصه فروشی های عصر ظل السلطان گویا حاج میرزا محمد علی نجفی فرزند شیخ محمد باقر آنرا از دولت خریده بعد از مرگ ، برادرش حاج آقا نورالله به همراه حاج محمد حسین کازرونی « به مختصری از صغار حاج میرزا محمد علی خریده و طرح باغاتی با صفا و ساختمان عماراتی مصفا انداخته و نزهتگاه خود ساخته و ازدولت هم راه شوسه شیراز را از آن سمت تقاضا کرده و جاده کشیده »( تاریخ اصفهان ، ص 167 ) این باغ در اواخر قاجار آنقدر اعتبار داشته که مراسم استقبال از احمد شاه و سردارسپه در آن صورت بگیرد (تاریخ اصفهان و ری ، ص 386 ) چندی بعد رضا خان وقتی برای سرکوبی شیخ خزعل از اصفهان می گذشت در هزارجریب فقط خرابه هایی دیده که « گاهی عصرها اهل ذوق اصفهان بر فراز آن می روند و دور نمای شهر را که از آنجا وضع بسیار زیبایی دارد تماشا می کنند »( سفرنامه خوزستان ، ص 45 ).

اما در دوره اخیر هزار جریب سرنوشت خوبی یافت و عاقبت به خیر شد.در سال    1328 ش    وقتی اولیای دانشگاه اصفهان بدنبال زمینی برای تأسیس دانشگاه می گشتند ورثة حاج محمد حسین کازرونی و دو نفر دیگر بعضی سهم خود را بخشیده و بعضی به بهای کم، قسمت سمت راست جاده را به دانشگاه دادند و پس از آن دوباره آب و آبادانی به هزارجریب روی آورد .هم اکنون دانشگاه اصفهان در آن برپاست . از آن همه آثار هزارجریب تنها دو برج کبوتر مانده که نمایانگر حد جنوب این باغ سلطنتی می باشند .یکی در محوطه دانشگاه( که جلال همایی آنرا برج کاکا سیاه نامیده است ) و یکی در انتهای خیابان شیخ صدوق جنوبی ( که برج خون نام داشته ) .دکترهنرفرنیز براساس منابع سفرنامه ای سیرحیات باغ هزارجریب در دورة قاجار را بررسی کرده است ( باغ هزارجریب و کوه صفه ، هنر و مردم ،س 14، ش157 ، آبان 1345 )